臨床醫學專業是八年制的,北京協和醫學院最早開啟八年制高等醫學教育的先河,培養八年制醫學博士為特色,醫學預科階段,五個學期,基礎醫學階段,三個學期,臨床醫學階段,四個學期,培養模式十分完善。1985年以來,學校與很多國內外著名大學開展合作,學生有很多的交流機會。
護理學專業是學校的另一個專業,護理學是醫學科學的重要組成部分,在校期間學習醫學基礎和專業課程,臨床實習。就業方向主要是北京市及外省市各大醫院,醫學院校的護理教學單位,獨資及合資的醫療保健機構。